Der var engang en konge med navnet Satyavrata, der var i gang med at forberede en hellig ceremoni ved siden af en flod. Da han på et tidspunkt var ved at øse noget vand op fra floden, kom han til ved et tilfælde at fange en lille fisk i hans hænder. Fisken bad ham om ikke at smide den tilbage i vandet igen, hvor den kunne blive offer for større fisk. Kongen havde barmhjertighed med den lille fisk, så han tog den med hjem, og placerede den i en skål med vand.
Den næste morgen var fisken blevet så stor, at den ikke kunne være i skålen. Så kongen overførte fisken til en lille dam. Men fisken voksede sig endnu større, så den ikke længere kunne være i dammen, så derfor overførte kongen den til en sø. Men det samme gentog sig, og fisken kunne ikke længere være i den største sø i kongeriget, så kongen blev til sidst nødt til at slippe den ud i havet.
På det tidspunkt var Kongen blevet helt fascineret af fiskens vokseværk, at han var overbevist om at fisken måtte være en inkarnation af en gud.
Kongen begyndte derfor at bede, og spurgte hvorfor guddommen havde taget denne form. Matsya svarede så, at i løbet af en uge ville en stor ødelæggelse ramme jorden. Derfor skulle kongen samle 7 store vismænd og samle alle eksemplarer af græs, frø og levende væsener. Matsya lovede desuden, at han ville sende en stor båd, som kunne redde dem.
Som Matsya havde forudsagt, begyndte store skyer at dukke op fra alle retninger og det begyndte at regne meget på land og på vand. Snart begyndte havet at skylle ind mod land. Da så Satyavrata og alle hans medfølgere en stor båd komme sejlende mod dem.
Matsya var nu blevet en stor gylden fisk med et horn, og ved hjælp af slangen Vasuki, bandt de skibet fast til Matsya’s horn, og Matsya førte nu skibet an indtil de stormfulde bølger lagde sig. Under rejsen underviste Matsya kongen, vismændene og de andre mennesker i den hellige viden fra vedaerne.
Således endte det med, at alt levende overlevede stormfloden vha. Vishnu’s inkarnation som Matsya.
Denne historie minder tydeligt om historien om Noah’s ark i kristendommen.